В сезоне 2006 года «Лобня-Алла» набрала 62 очка, финишировав на рекордном для себя 3 месте. В клубе играли  такие известные футболисты как Сметанин Андрей, Вековищев Игорь, Евсеев Михаил и другие.

В 2007 году лобненцы опять «попали в историю». КДК РФС рассмотрел инцидент, произошедший 18 мая на лобненском стадионе «Москвич», когда по окончании матча 1/64 финала Кубка России «Лобня-Алла» - «Луховицы» были избиты помощники главного арбитра этой встречи – Шпилев Денис и Иванов Максим. Любопытно, что, по одной из версий, напавшие на судей вечером 18 мая болельщики оказались парнями, которые к стадиону «Москвич» подъехали на авто без номеров. В атаку на арбитров фанаты пошли в масках - чтобы потом рефери не могли узнать, кто их бил, Спустя некоторое время нападавшие раскаялись в содеянном и... пришли в милицию. Дескать погорячились... По итогам заседания стадион «Москвич» был дисквалифицирован на десять игр, «Лобня-Алла» оштрафована на 10 тысяч рублей. Главный тренер Логунов Александр дисквалифицирован на пять матчей и оштрафован на десять тысяч рублей. Председателю попечительского совета клуба Бардину Игорю и директору клуба  Тарасовой Людмиле вынесены предупреждения. Начальник команды Баятянц Игорь после инцидента был уволен из клуба. «Лобня-Алла» провела всего пять из пятнадцати домашних матчей в  2007 году и завершила сезон на 7 месте, набрав 39 очков.

Год 2008 был ознаменован для «Лобни» как год траура, именно в январе 2008 годуа футбольный клуб «Лобня-Алла» отказался от участия в соревнованиях ПФЛ и был исключён из числа её членов. Но не унывавший, ныне главный тренер футбольного клуба «Лобня» Двоеглазов Валерий, собрал боеспособый коллектив, для первенства ЛФК, группа «А» Подмосковье. В клубе играют местные воспитанники и экс игроки ФК «Лобня-Алла-2» и «Лобня-Алла». В сезоне 2008 команда финишировала на 16 месте, набрав 12 очков.

В 2009 году перед ФК «Лобня» стоит задача вернуть себе профессиональный статус и показать зрелищный футбол.